Separatory montuje się w pierwszym odcinku sieci kanalizacyjnej, aby zatrzymywały najbardziej uciążliwe osady, głównie pochodzenia tłuszczowego. Jeśli sieć znajduje się przy dużym skupisku obiektów, trzeba je regularnie czyścić, aby nie ulegały zapchaniu. Czyszczenie separatorów odbywa się mechanicznie, a wydobyty osad wywozi się na odpowiednie składowisko. Trudnią się tym wyspecjalizowane firmy. Na południu Polski działa przedsiębiorstwo EKO-SERWIS, oferujące czyszczenie separatorów oraz przewodów kanalizacyjnych. Firma zajmuje się też wywożeniem odpadów i odbiorem niebezpiecznych substancji.